W premierowym drugim sezonie podążamy za historią zaginięcia córki komisarza Treli, a później także jej przyjaciółki. Mężczyzna nie radzi sobie po zniknięciu Niny (Magdalena Żak), a smutki topi w alkoholu. Ada (Helena Sujecka) podczas nieobecności szefa musi samodzielnie nadzorować pracę komendy. Agata (Helena Englert) jest zmęczona nieustanną opieką nad niepełnosprawnym po wypadku w sztolni, ojcem. W Sowich Dołach pojawia się tajemniczy mężczyzna (Rafał Mohr) i proponuje wsparcie kampanii wyborczej burmistrza. Paszke (Mirosław Kropielnicki), pewny swojej pozycji, odmawia, nieświadomy fatalnych konsekwencji takiej decyzji. Ksiądz (Rafał Cieszyński), wiedziony intuicją, wciąż próbuje rozwiązać sprawę zniknięcia Niny. Tymczasem w niewyjaśnionych okolicznościach znika również para podróżników. Czy komisarz Trela odkryje, kto odpowiada za zaginięcie jego jedynego dziecka? I czy uda mu się dotrzeć do źródła zła w Sowich Dołach?
Serial „Znaki” to gatunkowe połączenie kryminału z elementami mystery i thrillera obyczajowego. Za scenariusze najnowszych odcinków odpowiadają: Wojciech Miłoszewski („Prokurator”, „Wataha”), Błażej Przygodzki („Sprawiedliwi - Wydział kryminalny”, „Policjantki i Policjanci”, „Licencja na wychowanie”), Katarzyna Berenika Miszczuk (seria powieści „Kwiat paproci”) i Marzena Podgórska („Licencja na wychowanie”, „Na sygnale”). Osiem odcinków drugiego sezonu „Znaków” wyreżyserowali: Jakub Miszczak („Sprawiedliwi - Wydział kryminalny”, „Licencja na wychowanie”) i Monika Filipowicz („Przyjaciółki”, „Linia życia”). Autorem zdjęć był Wojciech Todorow, a serial kręcony był w tak niezwykłych miejscach, jak: Góry Sowie czy dawna kopalnia melafiru w miejscowości Świerki Kłodzkie. Ekipa filmowa odwiedziła również miasta: Nowa Ruda, Walim, Ludwikowice Kłodzkie i Wrocław.